Kotka-Kymin seurakunnalla toimii kaksi johtokuntaa: seurakuntatyön johtokunta sekä kiinteistö- ja hautaustoimen johtokunta.

Seurakuntatyön johtokunta johtaa, kehittää ja tukee seurakuntatyötä sekä edistää seurakunnan toimintastrategian tavoitteiden toteutumista.

Kiinteistö- ja hautaustoimen johtokunta vastata seurakunnan omistamien kiinteistöjen kaavoitus- ja maankäyttöasioista kirkkoneuvoston määrittämien periaatteiden mukaisesti.